A jornada de Yaiba para se tornar um verdadeiro samurai o leva da tranquilidade da floresta ao caos da cidade, cheia de rivais, aliados e poderes ancestrais.
Em plena selva, o jovem Yaiba treina para ser samurai com o pai, Kenjuro, e seu amado tigre. Até que os três vão parar no Japão e passam a viver com um amigo de Kenjuro.
Yaiba provoca Onimaru na tentativa de atraí-lo para um duelo. Onimaru se recusa a lutar, até que Shonosuke invade e destrói seu amado viveiro de pombos.
Derrotado por Onimaru, Yaiba resolve se fortalecer e vai para as montanhas, na esperança de conseguir uma espada mágica.
Onimaru convoca um bando de demônios para ajudá-lo a caçar os Raijinken. Yaiba começa a treinar com Musashi para dominar o poder de sua nova espada.
Yaiba e os outros vão para Ganryujima em busca da espada de Sasaki Kojiro. Depois de lidar com um demônio, eles param em um resort de águas termais.
Em Nagoya, Yaiba e sua turma encontram o poderoso Sr. Morcego, que está atrás do Raijinken. Durante o confronto, o Sr. Morcego morde o pescoço de Musashi.
Yaiba e seus companheiros finalmente encontram o Sr. Spider e um Sasaki Kojiro que pode até estar ressuscitado, mas anda um tanto irritado.
O duelo entre Musashi e Kojiro precisa seguir o roteiro para que Yaiba volte no tempo certo, mas um comentário de Yaiba pode modificar a história.
Yaiba passa por um treinamento mais extenuante com Musashi e Kojiro para desenvolver uma nova técnica com a espada que possa ser usada contra Onimaru.
Yaiba e seus companheiros invadem o Castelo Onimaru, mas caem em uma armadilha na fortaleza e enfrentam os novos capangas de Onimaru.
